一、检察机关不认定醉驾怎么处理?

公安机关可以撤销案件，也可以继续移送审查起诉。根据《刑事诉讼法》的规定，人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，补充侦查以二次为限，对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。因此，对于人民检察院退回补充侦查的案件，公安机关如果认为犯罪嫌疑人不构成犯罪，可以撤案。如果认为构成犯罪，证据确实充分的，可以再次移送审查起诉。但是，对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。因此，实践中检察院认为不构成犯罪的案件，退回公安机关的，公安机关会按撤诉处理。

二、法律依据

《刑事诉讼法》第一百六十一条：在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件;犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，发给释放证明，并且通知原批准逮捕的人民检察院。

《刑事诉讼法》第一百七十一条：人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料;认为可能存在本法第五十四条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。

根据司法审理程序的规定，公安机关在对醉驾情况进行调查取证后，需要将有关情况移送到检察机关进行审查起诉，但如果检察机关不认定醉驾的，则可以退回公安机关进行补充侦查，此时，公安机关根据实际情况可以作出合法的处理，也可以补充侦查。