一、案件中只侦查合法吗

对于刑事案件能否并案侦查的问题，我们应依据实际情况进行判断。

需明确，并案侦查旨在尽快破获案件，这首先要求所有并入案件的罪犯均属于相同人或同一团伙。

因此，并案侦查其实是对各案罪犯作出共同认定的过程。《刑事诉讼法》第九十一条：公安机关对被拘留的人，认为需要逮捕的，应当在拘留后的三日以内，提请人民检察院审查批准。在特殊情况下，提请审查批准的时间可以延长一日至四日。 对于流窜作案、多次作案、结伙作案的重大嫌疑分子，提请审查批准的时间可以延长至三十日。 人民检察院应当自接到公安机关提请批准逮捕书后的七日以内，作出批准逮捕或者不批准逮捕的决定。人民检察院不批准逮捕的，公安机关应当在接到通知后立即释放，并且将执行情况及时通知人民检察院。对于需要继续侦查，并且符合取保候审、监视居住条件的，依法取保候审或者监视居住。

《刑事案件处理程序规定》

第十八条几个公安机关都有权管辖的刑事案件，由最初受理的公安机关管辖。必要时，可以由主要犯罪地的公安机关管辖。具有下列情形之一的，公安机关可以在职责范围内并案侦查：(一)一人犯数罪的;(二)共同犯罪的;(三)共同犯罪的犯罪嫌疑人还实施其他犯罪的;(四)多个犯罪嫌疑人实施的犯罪存在关联，并案处理有利于查明犯罪事实的。

二、单位犯罪案件中只起诉个人的要如何处理

依据刑事诉讼法理论，刑事审判程序的启动须以公诉机关提起控诉为前提，未经控诉方的提请，审判不得自行主动进行，同时审判的对象应受制于控诉方提请的范围，即对未提起控诉的事项不得进行审判，这就是通常所说的不告不理原则。对于应当认定为单位犯罪的案件，检察机关只作为自然人犯罪案件起诉的，人民法院应及时与检察机关协商，建议检察机关对犯罪单位补充起诉。如检察机关不补充起诉的，人民法院仍应依法审理，对被起诉的自然人根据指控的犯罪事实、证据及庭审查明的事实，依法按单位犯罪中的直接负责的主管人员或者其他直接责任人员追究刑事责任，并应引用刑法分则关于单位犯罪追究直接负责的主管人员和其他直接责任人负刑事责任的有关条款。《刑法》第三十一条

单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。本法分则和其他法律另有规定的，依照规定。

在我们日常生活中，法律是一种无形的约束，它既保护我们的权益，也规范我们的行为。无论是在工作中，还是在生活中，我们都需要充分了解和理解法律，以便更好地保护自己的权益。虽然法律可能看起来复杂和深奥，但是只要我们愿意花时间去学习和理解，就能够掌握它的基本原理和应用。正如本文的标题所提出的问题，“案件中只侦查合法吗”，每一篇文章都是一次学习和理解法律的机会，我们应该抓住这些机会，不断提高我们的法律素养，以便更好地适应社会的发展和变化。有在线律师，如果您有任何的疑惑，欢迎您随时咨询。