鉴定结论是刑事诉讼中的重要证据，鉴定结论和其他证据一样，都要经过质证才能作为定案依据。有人把鉴定人视为“科学法官”，把鉴定结论视为“科学判决”，这是绝对错误的。新刑事诉讼法把鉴定结论改称鉴定意见，就是为了避免迷信鉴定结论的现象发生。
一、能不能起诉鉴定机关?
鉴定机构是社会中介机构，不属于任何国家机关。鉴定人只是接受委托根据自己的专业知识对有关案件的专门问题发表意见，不涉及法律问题，不对案件如何判决发表意见。控辩双方都可以对鉴定结论发表意见，是否采信由法官决定。法官采信了错误的鉴定结论作出错误判决，是法官的责任，可以通过上诉或者申诉程序解决。而不能起诉决定机构和鉴定人。
二、可以申请鉴定人回避
鉴定结论和证人证言一样都是证据，但证人是不可选择的，鉴定人是可以选择的。当事人对公检法机关委托的鉴定人不信任可以申请鉴定人回避。申请鉴定人回避的理由与申请审判人员、检察人员、侦查人员回避一样。
(一)是本案的当事人或者是当事人的近亲属的;
(二)本人或者他的近亲属和本案有利害关系的;
(三)担任过本案的证人、鉴定人、辩护人、诉讼代理人的;
(四)与本案当事人有其他关系，可能影响公正处理案件的。
鉴定人私自会见一方当事人的也应当回避。
三、申请补充鉴定或者重新鉴定
《刑事诉讼法》第一百二十一条规定：侦查机关应当将用作证据的鉴定结论告知犯罪嫌疑人、被害人。如果犯罪嫌疑人、被害人提出申请，可以补充鉴定或者重新鉴定。
补充鉴定，当事人认可鉴定结构和鉴定人，但认为鉴定结论不完善，可以要求补充鉴定。
如，一起伤害案，鉴定结论为腿部骨折属七级伤残。被害人不服，申请补充鉴定。鉴定为头颅外伤智力障碍，属七级伤残。
重新鉴定，当事人对整个鉴定结论不信任，要求另行委托其他鉴定机构进行鉴定。
四、对鉴定结论的合法性提出批评，说服法官不予采信
鉴定结论必须是合法的鉴定人对合法的鉴定资料用合法的鉴定程序做出的合法意见。当事人和律师有权利对鉴定结论的合法性发表意见。
1、审查鉴定主体的合法性
对鉴定机构的审查主要有以下几点：
(1)审查鉴定机构是否法定的鉴定机构，即受理鉴定的机构有无鉴定资格。如医院做出的伤残鉴定结论无效，只有法医鉴定中心做出的决定结论才有效。
(2)审查鉴定机构依据《司法鉴定机构登记管理办法》所获准的鉴定业务范围受理与具体的鉴定要求是否相符，有无超出其鉴定范围受理鉴定的情形。
(3)审查鉴定机构的技术条件与所受理鉴定要求的需要。如某一鉴定机构虽获准受理文书鉴定业务，但其所具备的技术条件未必能够解决文书鉴定所有的鉴定要求，如文书形成时间的鉴定、文书物质材料的鉴定等。
(4)审查鉴定机构解决疑难案件的能力和条件，案件中的鉴定疑难程度与鉴定机构的实际水平是否相适应。
审查鉴定人身份是否合法。
鉴定结论应当附有鉴定结构出具的关于鉴定人专业技术职称的证明。
对鉴定人的审查主要从以下几点进行：
(1)同一个鉴定事项是否两个或两个以上鉴定人共同参与鉴定。
(2)鉴定人是否获得了鉴定资格，并在合法的鉴定机构执业。
(3)鉴定人的职业资格所载明的业务范围与实际鉴定要求是否相符。
(4)鉴定人是否存在回避情形，有无应当回避的情况。
(5)鉴定人的职称和实际鉴定经验是否与所受理鉴定的专门性问题的难度相称。
(6)鉴定人受理鉴定和开展鉴定过程中，是否接受过委托人的礼物、宴请，是否受到上级或个别领导对鉴定结论的干预，有无其他可能影响鉴定结论的因素。
2、审查鉴定程序的合法性
鉴定活动本身是一个过程，就必然受一定的程序规则的制约。如果在进行鉴定活动过程中违反了程序法的相关规定，不管其结论是否客观、科学，按照证据规则的规定都不能作为定案的依据。
自身程序的不合法则会直接影响鉴定结论的证明力，影响鉴定结论的质证和法官的认证，直接导致实体上的不公正。
例如：审查涉及程序是否合法、是否有合法的委托，提取鉴定材料程序是否合法，鉴定方法是否合法、鉴定结论是否符合法定标准等等。审查鉴定程序合法性的方法，主要依据有关鉴定的法律、法规的具体规定，从鉴定的全过程进行审查。
3、审查鉴定对象的合法性
鉴定对象是指鉴定客体及其物质表现，反映为客体物自身的一部分，或者其反映形象以及与案件有关的事实和物质现象。我国现行诉讼法所指的专门性问题就是泛指的鉴定对象。
审查鉴定对象的合法性，就是审查司法鉴定对象是否我国有关法律、法规明确规定范围内的鉴定对象，即是否法定鉴定对象。未经法律确认的对象经过鉴定后所获取的鉴定结论，法律上不能承认其为证据，无法律效力。
如，我国不承认测谎器的测试结果为合法证据。侦查机关用测谎器检测当事人供述是否真实不违反法律，但如果把测试结果当做鉴定结论向法庭出示，则不能被当做证据使用。
审查时要求审查主体必须熟悉有关规范鉴定对象的法律、法规，了解法定鉴定对象的范围，运用对照审查方式，确定鉴定对象的合法性。
4、审查鉴定资料来源的合法性
鉴定资料是鉴定过程中主要依据的对象，鉴定人采用科学方法,依据相关规定，就鉴定委托所提出的鉴定要求开展科学鉴定并作出相应鉴定结论，如果鉴定资料的来源不合法，其真实性就值得考虑。因此，强调鉴定资料来源的合法性，是保证鉴定资料真实、鉴定结论客观的前提。鉴定人只有使用真实的鉴定资料，才能作出客观、科学的鉴定结论。
审查鉴定资料来源是否合法，主要从以下几个方面入手：对于刑事案件中收集的鉴定资料，无论是勘验还是搜查过程中，都应该审查是否有勘验或搜查笔录，是否详细记载了勘查或搜查人员的身份以及身份是否合法，各类痕迹、文书、物质、物品在现场的位置、形态、数量、大小、相互间的关系，以及鉴定资料的显现、提取和保全的方式、方法在笔录中是否有详细记载，笔录和清单上是否有事主或被扣押物品的所有人或保管人、办案人员、见证人的亲笔签名。收集样本资料时是否公开收集，是否经过了嫌疑人的同意和证实。有无刑讯逼供或威胁、引诱、欺骗以及其他非法方法收集鉴定资料的事实存在。如果鉴定资料是复印件，有无证实其真实性的相应证明材料。
一次在贩毒案件的法庭调查中，公诉人出示了一份关于毒品成分的鉴定结论。我的质证意见是：“此鉴定结论不能证明鉴定资料来源于我的当事人。”
5、审查鉴定结论的法定标准
鉴定结论的法定标准，是指以法律的形式明确规定的鉴定过程中不同鉴定对象的鉴定结论所必须达到的认定依据的数量和质量标准，以及鉴定必须采用的科学方法标准。不同的鉴定对象和鉴定要求，在鉴定过程中依据的特征数量和质量的要求不一样，所采取的鉴定方法也不相同。如果不同的鉴定机构和鉴定人，针对同样的鉴定要求在鉴定同一类鉴定对象时所采用的鉴定方法不同，鉴定结论科学依据的数量和质量要求不同，则为出现鉴定结论不一致甚至完全相反，或者勉强作出结论的不正常现象。因此，对某一类具体的鉴定对象应该采用哪些经理论和实践证实为科学、可靠的鉴定方法，以及对鉴定结论科学依据的数量和质量加以规范，是保障鉴定结论客观、科学、准确的前提条件。所以，鉴定结论的标准应该以法律的形式加以确定。但鉴定对象的种类较多，标准复杂，而且不同时期鉴定的科学认识条件不同，标准也应相应变化。我国目前尚无法律、法规对各类鉴定对象的鉴定结论的标准完备地加以明确规定。只有个别鉴定对象的鉴定结论标准出台，如《人体轻伤鉴定标准》、《人体重伤鉴定标准》等等。随着司法鉴定制度的日益完善，各类鉴定对象的鉴定结论标准也陆续被制定出来，使鉴定结论的标准法定化，也使有关人员在审查鉴定结论的标准时有法可依。在审查鉴定结论是否达到法定标准时，主要依据现有的规定部分鉴定对象的鉴定标准的部门法规。针对鉴定结论对应比较，确定其是否符合规定的最低要求。
如，以犯罪现场遗留的血迹与嫌疑人血型相同做出犯罪嫌疑人就是杀人犯的意见是荒唐的。血型相同的人很多。
凭一份伪造的合同上的签名与嫌疑人笔迹的对照做出的合同系嫌疑人伪造的结论是不可靠的。签名只有三个字，三个字不能反应一个人笔迹的全部。
6、鉴定结论的客观性审查
1)鉴定资料真实性的审查
鉴定资料的客观性和真实性是保证鉴定结论客观、真实的前提。在审查鉴定资料时，不仅要审查鉴定资料的来源是否合法，即收集程序的合法性，而且要从实质性方面审查其真实性。在审判实践中，偶尔确有由于罪犯或诉讼当事人故意隐瞒或伪造证据，或者因为法官工作的疏忽，导致向鉴定人提供的鉴定依据不真实或者不全面的现象，由此得出的鉴定结论也当然难免错误，不应予以认定。
2)鉴定方法科学性、先进性的审查
鉴定方法的科学性是指某一具体鉴定方法有其相应的科学基础，符合一定的鉴定科学原理。鉴定方法先进性是指鉴定过程中所采用的具体鉴定手段、所使用的鉴定仪器和设备在同行业中应该是最先进、性能最良好的。
同一个专门性问题，可以采用多种鉴定方法进行鉴定，但不同鉴定方法的科学性和先进性不同，所得出的鉴定结论可能存在差异。当事人、律师认为鉴定方法不够先进，可以要求用更先进的方法重新鉴定。
中国传统的滴血认亲就是一种很不科学的鉴定方法，现在已经不再采用。
3)鉴定标准规范性审查
司法鉴定是鉴定人就案件中的专门性问题采用科学方法加以认识、辨别、判断的过程。由于鉴定结论是法定的科学证据，在诉讼活动中的地位举足轻重，所以对鉴定中的许多实质性问题，特别是涉及鉴定科学的问题，应该用法律法规的形式加以明确规定，即鉴定标准的规范。目前我国的法律法规对鉴定的标准和规范未做系统规定。
五、审查鉴定结论与其它证据的关联性、一致性
鉴定结论是一种证据，这一属性决定了对鉴定结论必须经过庭审质证，与其它证据相比对，才能予以认定，鉴定结论作为一种证据不能自我证明其真实性。
一个案件的各个环节都是有机联系的，鉴定结论仅是其中的一个环节，必须将其与本案其它证据相结合起来审查，进行综合判断，才能作出准确认定。而且无论在刑事案件还是民事案件中，对鉴定结论的审查都要听取各方诉讼参与人的意见，并综合全案其它证据进行分析，才能排除矛盾，准确作出认定，使案件得到公正处理。
