从理论上讲，电子商务诉讼举证责任随着电子商务纠纷案件性质的确定就确定下来，并开始运作。举证责任指导着电子商务诉讼前进的方向及其进度。负担举证责任的一方当事人为了不使案件事实处于真伪不明状态，必须提出本证;不负担举证责任的一方当事人出于维权的天性提出反证，如果这一反证具有确信力，案件事实将再次陷于真伪不明。这样负担举证责任的一方当事人又必须针对这一真伪不明状态提出本证，对方当事人又提出反证，如此往复。

然而，在具体电子商务诉讼中，举证责任的运作并非如理论上那样简单。由于电子商务本身具有开放性和丰富性，再加之电子商务必须同传统商务(最典型的如物流配送)相结合，这就使得电子商务纠纷呈现出复杂性和案件事实的多元性。作为举证责任对象的案件事实是法律关系构成要件事实，也就是主要事实。

只有该项事实真伪不明时，才能运用举证责任贯彻司法最终解决原则。电子商务诉讼举证责任之所以有特殊性，主要是由于电子商务具有较强的技术性和专业性，以及当前信息技术发展过程中面临着信息安全问题。电子商务诉讼举证责任如果脱离信息技术范围来运作就扩大了其适用范围，这显然对负担举证责任的当事人是不公平的。因此，在电子商务诉讼实践中，正确理解举证责任的运作无疑同举证责任的分配同样重要。这关系到法官在何种情况下才必须使举证责任在审判中发挥决定性作用，直接影响着电子商务诉讼当事人的诉讼利益和实体利益。在司法实践中把握电子商务诉讼举证责任的运作需要考虑的因素应该是：网络行为和电子数据信息交换，也就是信息技术方面的因素;回到理论上，就是构成电子商务法律关系要件的事实。

电子商务纠纷却正因为电子商务的技术性和专业性变电子商务纠纷的不同特点，应根据举证难易、保护弱者、诚实信用原则三方面标准在当事人之间分配举证责任。在举证责任分配确定后，还应从网络行为和信息技术方面的因素来把握电子商务诉讼举证责任的运作。惟其如此，才能依据举证责任制度在电子商务诉讼中正确贯彻司法最终解决原则，促进电子商务的发展。