一、公务员存疑不起诉可以保留公职吗?

公务员存疑不起诉可以保留公职，《人民检察院刑事诉讼规则》第405条规定，人民检察院根据刑事诉讼法第171条第四款规定决定不起诉的，在发现新的证据，符合起诉条件的，可以提起公诉。

存疑不起诉是检查机关经退回补充侦查后，仍然认为证据不足，而做出的不起诉决定。如果将来收集到足够的证据，检查机关仍然保留起诉的权力，但在那之前，根据“无罪推定”原则，当事人应被视为无罪，不会因此开除公职。但如果将来再度被起诉并判决有罪，会相应被开除公职。

二、存疑不起诉的情形有哪些

我国刑事诉讼法第171条第4款规定：对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。而根据我国刑事诉讼法第171条第三款规定的精神，补充侦查的案件应在1个月内补充侦查完毕，补充侦查以两次为限。因此，经过两次补充侦查，对于事实仍未查清、证据不足的案件，人民检察院可以作出不起诉的决定。案件经过两次补充侦查，具有下列情形之一，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件。

(1)据以定案的证据存在疑问、无法查证属实的。

(2)犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的。

(3)证据之间的矛盾不能合理排除的。

(4)根据证据得出的结论具有其他可能性而无法排除的。

三、决定存疑不起诉注意事项

人民检察院根据上述情形作出不起诉决定后，如果发现了新的证据，证明案件符合起诉条件时，可以撤销不起诉决定，提起公诉。对于存疑不起诉应当注意的是，只有案件经过两次补充侦查后，人民检察院仍然认为案件事实不清、证据不足时，才可以作出不起诉决定。因此，案件经过两次补充侦查和案件事实不清证据不足，是刑事诉讼法规定的存疑不起诉的必要条件，人民检察院必须严格执行，只有这样，才能既可以防止放纵犯罪分子，又可以防止久侦不决、久押不放的现象，更好地保护公民的合法权益。

不管是公务员犯罪，还是其他的普通职员违反了刑事返法律，都是需要先交给公安机关来侦查案件，在侦查结束之后才可以审查，若是经过多次侦查，依旧被检察院以证据存在疑惑为由退回，此时该公务员不仅不会被开除公职，还可以按照正常情形上班。