两者在行为上有相似之处，因为行为人通过毁坏机器设备、残害耕畜破坏生产经营的同时，必然毁坏公私财物，尽管如此，两者仍有本质区别，应当注意区分：

(1)主观的目的不同。本罪采用毁坏机器设备、残害耕畜等手段，虽然会造成财物的毁坏，但这不是行为人的目的，行为人的目的是通过上述手段来毁坏生产经营，进而达到自己泄愤报复或者其他个人的不法目的。毁坏机器设备、残害耕畜等仅仅是实现其目的手段;而后罪其目的就是将公私财物加以毁坏，使其部分甚或全部丧失价值或使用价值。

(2)所侵害的对象不同。本罪的对象是特定的财物，即与生活经营活动直接相关的已经投人使用的机器设备、服役期间的耕畜等。而正是通过这些直接关系到生产经营活动的财物的毁坏进而实现破坏生产经营的意图。倘若与生产经营无关，如在仓库中备用或闲置不用的财物，即使是机器设备，亦不能成为本罪对象，但可以构成故意破坏财物罪的对象，后者还包括生活资料。

(3)直接客体不同。本罪所侵害的是国有的、集体的以及个人的生产经营工常活动;而后者则是公私财物的所有权。

在司法实践中，经常出现有的行为人为了发泄私愤，采取使用伪劣农药兽药、化肥、种子的方法破坏特定对象的生产经营，并且使生产遭受了损失，甚至是特别重大的损失。这种情况下由于其犯罪对象特定，犯罪目的特定，一般应定破坏生产经营罪。

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