1、划清罪与非罪的界限。在市场经营活动中，违反国家规定进行非法经营，情节不严重的，属于一般违法行为，应当由国家工商管理机关依法予以行政处罚。只有情节严重、构成犯罪的，才给予刑事处罚。

2、本罪是从原投机倒把罪中分离出来的。但应当看到，这种犯罪仍然具有相当的概括性。因此，应特别注意，在适用本罪时，严格把握立法精神，防止本罪成为新的“口袋罪”。依照本罪处理的应当是发生在生产、流通领域中严重违反国家法律、行政法规，并具有严重社会危害性的行为。

关于破坏生产经营罪，按照现行刑法的规定，破坏生产经营罪只不过是毁坏财物罪的特殊条款。也就是说，只有通过毁坏生产工具、生产资料进而破坏生产经营活动的，才成立破坏生产经营罪。本罪主观上是故意犯罪，并且具有泄愤报复或者其他个人目的。这里所说的“个人目的”，主要是指为了称霸一方，打击竞争对手或者谋取其他不正当的利益。行为人客观上实施了毁坏机器设备、残害耕畜或者以其他方法破坏生产经营的行为。

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