1、认定领导黑社会性质组织罪，首先需要确定何谓黑社会性质组织，黑社会性质的组织应当同时具备以下特征：
(1)形成较稳定的犯罪组织，人数较多，有明确的组织者、领导者，骨干成员基本固定;
(2)有组织地通过违法犯罪活动或者其他手段获取经济利益，具有一定的经济实力，以支持该组织的活动;
(3)以暴力、威胁或者其他手段，有组织地多次进行违法犯罪活动，为非作恶，欺压、残害群众;
(4)通过实施违法犯罪活动，或者利用国家工作人员的包庇或者纵容，称霸一方，在一定区域或者行业内，形成非法控制或者重大影响，严重破坏经济、社会生活秩序。
2、需要注意，认定领导黑社会性质组织罪时要注意组织、领导、积极参加、参加黑社会性质组织的行为方式互相转换的认定。
在司法实践中，行为人在黑社会性质组织中角色定位并不是一成不变的，往往存在着互相转换的问题。这种行为方式的互相转换一般表现为以下几种：
(1)行为人既实施黑社会性质组织的组织行为，也实施领导行为;
(2)行为人由一般参加行为转换为积极参加行为;
(3)行为人由积极参加行为转换为领导行为或者组织行为;
(4)行为人由组织者或者领导者沦为积极参加者或者一般参加者;
(5)行为人由积极参加者沦为一般参加者。
由于组织、领导、参加黑社会性质组织罪是选择性罪名，如果行为人只实施了几种行为方式之一的，只以相应的罪名论处。在几种行为方式相互转换的情况下，由于行为人至少跨越了两种以上的行为方式，而这几种行为方式的性质、内容又有所不同，因此，应当按照行为人所具体实施的行为方式确定罪名。
涉嫌组织、领导、参加黑社会性质组织罪;包庇、纵容黑社会性质组织罪的，将会按照我国相关的法律中规定进行相应的处罚。国家机关工作人员包庇黑社会性质的组织，或者纵容黑社会性质的组织进行违法犯罪活动的，将会从重处罚。
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