适用本罪时，应注意区分伪造、变造、转让金融机构经营许可证罪与伪造、变造、买卖国家机关公文、证件、印章罪及盗窃、抢夺、毁灭国家机关公文、证件、印章罪的界限。

两者在犯罪对象、犯罪行为方式上都有易混淆之处，其主要区别在于：

1、侵犯的客体不同。前者侵犯的是国家的金融管理制度;后者侵犯的是国家机关、企业事业单位、人民团体的正常管理活动。

2、犯罪对象不完全相同。前者的对象是金融机构经营许可证;后者的对象是公文、证件和印章。金融机构经营许可证当然也是一种证件，因而两者在犯罪对象上有交叉。

3、行为方式不完全相同。前者除伪造、变造外，尚有转让;后者除伪造、变造外，尚有买卖、盗窃、抢夺，毁灭。在实践中，如果是伪造、变造、转让金融机构经营许可证的，虽然金融机构经营许可证也居于一种证件，但由于立法上予以特别规定，因此应以伪造、变造、转让金融机构经营许可证罪论处。如果行为人盗窃、抢夺、毁灭金融机构经营许可证的，应以盗窃、抢夺、毁灭国家机关公文、证件、印章罪论处。

开设金融机构、金融机构开业等都是需要获得中国人民银行等开具的金融机构批准文的，这有这些机构开具的此类文件才具有司法效力的，任何人不得因为贪图便利等原因，就擅自实施变造金融机构批准文件的行为，否则变造者是有可能受罚的。

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