真菌性食物中毒是由于真菌毒素污染了食物（大多数真菌毒素不容易被烹煮的高温所破坏）而引起。

急性真菌食物中毒潜伏期短，常引起胃肠症状如恶心、呕吐、腹胀、腹痛、偶有腹泻，而后出现体内各器官系统（肝、肾、神经、血液）的损害。真菌性食物中毒主要有：

黄曲霉毒素中毒：黄曲霉毒素由黄曲霉菌产生，它多寄生于玉米、花生、大米、小麦等粮食及食用油中。急性中毒可引起肝肿大、压痛、黄疸、肝功能异常及肾的损害，１周左右死亡。慢性中毒可引起肝的癌变。

黄变米中毒：大米、小麦、玉米被青霉菌等污染变黄，其毒素食入后引起神经麻痹、惊厥或呼吸麻痹而死亡。

灰变米中毒：半裸镰刀霉菌污染大米，使之变为灰褐色，食后引起胃肠道症状。

赤霉毒素中毒：小麦污染赤霉菌后，小麦变红色，食后１０分钟～３６小时出现恶心、呕吐、眩晕。

霉玉米中毒：因镰刀霉菌及青霉菌是由于污染玉米引起的，主要为胃肠道症状。

霉甘蔗中毒：食后发病快，约１５分钟左右出现头晕、头痛、恶心、呕吐、腹痛及腹泻。部分病人出现神经系统症状如眩晕、阵发性痉挛、瞳孔散大。３天后体温升高，可持续１～９天，严重者出现肝、肾损害。