有毒的棉籽油酚，被动物吃进，经过一段时间的蓄积过程，便在体内大量积存，因其为嗜细胞性物质，故可引起胃肠炎症;损伤肝细胞、心肌和骨骼肌;棉酚与体内硫和蛋白质结合牢固，破坏红细胞、损伤微血管膜，从而导致贫血，并呈现出血性素质。

棉籽饼中的环丙烯结构的脂肪酸，作用于卵巢和输卵管，使之萎缩，生殖机能紊乱，孕牛常发生流产。