首先，新公司法规定，除采取有限责任公司形式的外商投资企业外，公司设立协议并非有限责任公司设立环节的必备法律文件，而在股份有限公司中发起人应当签订发起人协议。当然，公司章程则是任何形式的公司在成立过程中都必须具备的法定文件。

其次，二者效力不同。公司设立协议只在发起人之间具有法律效力。公司章程则调整的是所有股东之间、股东与公司之间，公司的管理机构与公司之间的法律关系。从效力期间来看，公司设立协议的效力期间是从设立行为开始到设立过程终止，而公司章程则及于公司成立后的整个存续过程，直至公司终止。