一、中标后分公司签订合同是由总公司付款吗?

中标后分公司签订合同可以是由总公司付款，《中华人民共和国招标投标法》第四十八条规定：中标人应当按照合同约定履行义务，完成中标项目。中标人不得向他人转让中标项目，也不得将中标项目肢解后分别向他人转让。中标人按照合同约定或者经招标人同意，可以将中标项目的部分非主体、非关键性工作分包给他人完成。接受分包的人应当具备相应的资格条件，并不得再次分包。中标人应当就分包项目向招标人负责，接受分包的人就分包项目承担连带责任。

二、中标合同加盖分公司公章有效吗?

企业为了业务发展需要，会在不同的区域设立分公司。虽然分公司办理营业执照，但却不具有独立法人资格，不能独立承担民事责任，所以分公司加盖印章所产生的法律责任是由设立分公司的总公司负责。为了防范风险，应当加强对分公司印章的管理。

1. 制定分公司印章管理的规章制度。必要时，可以由分公司的负责人对加盖分公司印章产生的法律后果承担担保责任。

2.设立分公司印章使用的分级审批制度。对于日常的文件、合同应当由负责人审批使用，对于涉及重大的合同，应当由分公司报经总公司审批，方可给予使用，总公司应当对报批的重大合同文件进行存档备案。

3.总公司应当对于各分公司的印章实行专人监管，定期监督、检查各分公司使用分公司印章的情况，如发现有存在损害总公司利益的行为发生，应当及时制止，情节严重的，可以强制收回印章。

4. 分公司暂时歇业、停业的，可以要求分公司将印章封存在总公司，待分公司重新启动时再启用。

5. 对于分公司注销的，应当及时收回分公司的印章，将废止的印章及时销毁。

6. 对分公司相关人员涉嫌私刻分公司印章的，应当依法追究相关责任人员的法律责任，构成犯罪的，应依法追究其刑事责任。

分公司并不同于子公司一般具有独立地位，故此总公司是需要承担支付中标的款额等的义务的，当然若是分公司本身还具有支付中标款额的能力，此时总公司并不会干涉。若是中标之后不能如期交付工程款，此时不仅是分公司，总公司也需要承担一定的责任。