一、间谍罪由哪个机关立案侦查?

由国安局立案侦查，根据我国《刑法》第一百一十条的规定，间谍罪是参加间谍组织或者接受间谍组织及其代理人的任务，或者为敌人指示轰击目标的行为;根据刑法的规定，间谍罪是行为犯，并不以实际上发生法定的危害结果作为犯罪成立的要件，只要实施了间谍行为，即构成本罪。

本罪所侵害的客体，是中华人民共和国的国家安全。即人民民主专政的国家政权和社会主义制度。国家安全是主权国家独立自主地生存和发展的保障，关系国家存亡的大事，世界上无论哪一个国家，都是将维护国家安全摆在首位，以巩固自己的政权。国家的长治久安和繁荣昌盛都是以国家安全得到保障为前提的，一些国家的灭亡、政权的丧失，也都是因为国家安全不能得到保障。因此，没有国家安全，就没有社会主义现代化建设和人民的一切。

二、 不予追究间谍罪的情况

《国家安全法》第25条规定：在境外受威胁或者诱骗参加敌对组织，从事危害中华人民共和国国家安全的活动，及时向中华人民共和国驻外机构如实说明情况的，或者入境后直接或者通过所在组织及时向国家安全机关或者公安机关如实说明情况的、不予追究。这里所指的敌对组织，无疑包括间谍组织。根据该条的规定，行为人参加间谍组织从事危害中华人民共和国国家安全的活动属于不予追究的情况必须符合以下几个条件：

(1)行为人的行为必须发生在境外。若行为人的行为发生在境内，则不适用该条的规定。

(2)行为人的行为必须非出于自愿，即由于受胁迫或受诱骗而疚炕的。所谓受胁迫，是指行为因受威胁强迫而参加间谍组织，从事危害中华人民共和国国家安全的活动，其特征是，行为人本不愿参加间谍组织，只是因为迫于他人的暴力强制或者精神威胁下被迫作出犯罪的选择，参加了间谍组织。所谓受诱骗是指行为人因受引诱欺骗而参加间谍组织，从事危害中华人民共和国国家安全的活动。其特征是：行为人本无参加间谍组织，从事危害中华人民共和国安全的意图，只是因为头脑简单，对实际情况不够了解，轻信了谎言，上当受骗而参加了间谍组织。在认定“受诱骗”时，要将其同由于资产阶级思想的腐蚀，受他人的金钱、物质或色情的诱惑，而自觉参加间谍组织的人区别开来。后者虽受他人的金钱、物质或色情的引诱，但都是出于一定的动机和目的而自愿参加的，因而不属受诱骗。

(3)行为人在境外或入境后必须及时向有关单位如实说明情况。这里的关键是及时和如实说明情况。所谓及时是指其参加间谍组织，从事危害国家安全的活动，尚未被司法机关发觉，或者虽已被发觉，但尚未受到讯问或采取强制措施以前。所谓如实说明情况，是指行为人到有关机关后，如实说明参加间谍组织，从事危害中华人民共和国安全活动的全部行为，至少是如实说明主要行为。与他人共同实施的，还要如实说明所知的同案人的情况，而且这种说明必须是出于真诚悔悟。

(4)行为人在境外或入境后发展间谍组织，从事相关间谍活动，实施违法活动，进行肮脏内幕，经证实无误，对国家和人民造成严重利益损失，对政治、文化、社会人民团结造成严重影响，伪装公检法人员欺压群众造成群众精神财产损失和利益缺损。应对其进行政治思想的充分教育和矫正，同时安置在特殊拘役地予刑罚。对其罪行悔过彻底的，并不构成死刑的间谍分子，在教育和矫正后，应给予立功赎罪，宽大处理，巩固国家主权与领土完成，维护国家社会民族利益。

在司法实践中，对于间谍罪的犯罪事实认定一般要按照法律规定的程序与步骤进行处理，其立案侦查的情况应当由国家安全部门进行处理，具体的司法判决还是需要按照法律的有关规定，由审判机关来进行合法的法律适用并进行司法判决。