一、被告申请笔迹鉴定原告不同意怎么处理?

被告申请笔迹鉴定原告不同意的法官应该认定被告对这份证据的主张成立。

对于被告申请的有关字迹(笔迹)鉴定，如果申请鉴定的内容是该笔迹是否是由原告书写而成，而被原告拒绝配合的，可根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第七十五条 的规定，由法院作出对原告不利的认定，依法认定被告对这份证据的主张成立。

《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》

第七十五条 有证据证明一方当事人持有证据无正当理由拒不提供，如果对方当事人主张该证据的内容不利于证据持有人，可以推定该主张成立。

二、笔迹鉴定申请注意事项主要有哪些?

1、样本来源不清(存在检材或者样本来源不明的情况)

检材、样本应严格依照法定程序提取，并依法制作相应的提取等笔录，确保用于鉴定的检材、样本来源清楚、合法，有证据证明。

2、笔迹鉴定样本未使用原件

在笔迹鉴定中，委托申请人所提交的比较样本如果为复印件，虽然运笔特征中的行笔特征和连笔特征能够得到保留，但会失去原有笔迹固有的层次感，也会给笔迹鉴定带来不良影响。

应尽量使用原件，不宜使用复印件。如果在某些特殊或者例外的情况下，不得不用复印件或照片进行鉴定时，需要注意以下几点：

(1)要对原件进行多种方式的复制，比如复制件或者照片，多种反映方式要相互对照、对比，综合利用。

(2)对送检的照片，特别是放大或经图像处理的照片一定要与原件进行对比，核对无误后方可用于鉴定。

(3)在检验中的每一个分析判断都要经实验验证或要有充分的证据证明。

(4)笔迹检验过程中在可以充分利用计算机图像处理技术，提升检验的客观性、准确性。

正常情况下双方都应该比较期待笔迹鉴定的结论，如果没什么问题的话，原告也不会不同意做笔迹鉴定的，并且，做笔迹鉴定时提供的检材是要经过双方认证的，如若不是原告自己心虚，其实也应该支持被告提出来的笔迹鉴定申请的。