犯罪后果不同，前者是致使公共财产、国家和人民利益遭受重大的损失，后者是致使国家利益遭受重大的损失;

渎职的性质不同。

前者属于公务职权，后者为经营、管理职权。

刑法对国家机关工作人员玩忽职守犯罪行为采取一般规定与具体规定相结合的方式。

因此，刑法在第397条第1款规定了一般的玩忽职守罪外，还在其他条款里作了具体的规定，也就是说，规定一般的玩忽职守罪对其他条款所规定的具体玩忽职守罪具有补充适用作用。

如果国家机关工作人员玩忽职守犯罪行为刑法有明确、具体规定的，则应按对该行为的具体规定定罪处罚，只有刑法对该行为没有明确、具体的规定，而又符合刑法第397条第1款所规定的玩忽职守罪构成要件的，才可以按玩忽职守罪定罪处罚。

本案之所以检察机关是以玩忽职守罪起诉，而法院是以国家机关工作人员签订、履行合同失职被骗罪定罪处罚就是上述情况所决定的。