近年来，随着城市工业化、城市化进程的加快，进城务工的农民工逐渐增多，农民工在工作中受到伤害申请工伤认定的案件也呈上升趋势。为最大限度地保护农民工的合法权益，及时、有效地实现伤亡农民工的权利救济，应结合实际情况，从农民工工伤认定案件存在的主要问题入手，进行详细分析，提出相关的解决办法。

一是通过普法增强农民工的法律意识。采取灵活多样的法律法规宣传形式，加大法律宣传力度，扩大法律宣传面。将《工伤保险条例》有关工伤认定的相关法条印制成宣传单，深入企业在农民工中发放，在办公场所设置“政策取阅栏”，加大《劳动法》、《工伤保险条例》等法律法规的宣传教育力度。

二是综合鉴别是否存在事实劳动关系。劳动部门应当从以下几个方面综合鉴别是否存在事实劳动关系：劳动者与用人单位之间是否存在从属关系，接受用人单位的管理、指挥和监督;用人单位是否根据某种分配原则，组织工资分配，劳动者按照一定方式领取劳动报酬;劳动者提供的劳动是否为用人单位业务的组成部分;审查用人单位是否具有用工主体资格。

三是建立健全农民工工伤认定的相关法律法规。在农民工工伤认定案件中，有些法律法规规定得不明确、不完善、不具体，导致劳动保障行政部门对农民工工伤事故进行认定时，对法律理解适用产生分歧的情况时有发生。因此，要从根本上解决处理农民工工伤认定案件遇到的各种问题，必须完善有关法律法规，进一步畅通农民工伤亡的救济渠道，实现对农民工权益的最大保护。

四是强制用人单位为农民工签订劳动合同。为了保护劳动者的合法权益，法律有必要规定强制企业同与之建立劳动关系的农民工签订劳动合同，对拒绝签订劳动合同的用人单位要予以应有的处罚。要加强对农民工劳动合同的管理，在检查劳动合同制度的执行情况时，对于合同中的不合理不合法条款应当予以纠正，而且在为农民工进行工伤认定时，这些不合理不合法的条款也不能作为依据。