经济补偿的计算基数应是应得工资。

“应得工资”的概念，不同于实得工资，也不同于劳动合同书上载明的工资，也不同于工资组成项目中的基本工资，也就是，如果用人单位存在加班不支付加班费、扣缴劳动者个人部分社保和住房公积金费的情形，支付经济补偿金的月工资标准不能按照实发工资计算，必须加上应当支付的加班费及扣缴的费用;用人单位也不得按照基本工资或者其他低于应得工资的任何标准作为经济补偿金的计算基数。

法律依据：《劳动合同法实施条例》第二十七条规定：劳动合同法第四十七条规定的经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的平均工资低于当地最低工资标准的，按照当地最低工资标准计算。劳动者工作不满12个月的，按照实际工作的月数计算平均工资。