一、公司恶意辞退怀孕员工可以申请赔偿吗？

可以申请的；职工怀孕，用人单位不得解除劳动合同，如单位解除劳动合同，应双倍支付经济补偿金(5个月工资)，此外，还应支付生育津贴，生育费用(含：检查费、接生费、手术费、住院费、药费)用人单位已缴纳生育保险的有生育保险基金支付;法律依据：《劳动合同法》第42条第4项、第87条;企业职工生育保险试行办法。

《劳动合同法》第四十二条规定：劳动者有下列情况之一的，用人单位不得依照本法第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同：女职工在孕期、产期、哺乳期的;

劳动部《违反〈劳动法〉有关劳动合同规定的赔偿办法》劳部发(1995)223号第三条规定：本办法第二条(侵害女职工合法权益)规定的赔偿，按下列规定执行：用人单位有下列情形之一，对劳动者造成损害的，应赔偿劳动者损失：

(一)造成劳动者工资收入损失的，按劳动者本人应得工资收入支付给劳动者，并加付应得工资收入25%的赔偿费用;

(二)造成女职工身体健康损害的，除按国家规定提供治疗期间的医疗待遇外，还应支付相当于其医疗费用25%的赔偿费用;

一般情况下，职工怀孕期间是不能被辞退的。如必须辞退则应双倍支付其工资，并且还应支付相关费用。

二、企业辞退的原则

根据原劳动人事部等四部门劳人劳[1987]5号文件规定：企业对违纪职工要坚持教育为主，惩罚为辅的原则，切实做好思想教育工作，帮助他们改正错误。对于那些经过教育或行政处分后仍然无效的，可以按照《辞退规定》予以辞退。

企业辞退违纪职工坚持实事求是，严格按照《辞退规定》办事。如发现辞退不当的，要及时纠正;发现确属企业领导人滥用职权打击报复的，要按照有关规定进行严肃处理。

企业对被辞退的违纪职工，要认真做好思想教育工作，不能简单从事，防止矛盾激化。辞退后，本人要求迁移户口的，按户口迁移规定办理。

综合上面所说的，公司辞退怀孕的职工所要付出的代价是特别大的，劳动者完全是可以向用人单位申请期间所要产生的费用；对于经济补偿一般就会根据当事人工作的年限和工资的标准来进行计算，这样才能保障到劳动者的利益不受到损失。