员工遗失劳动合同的，可以搜集以下这些证据来证明双方存在劳动关系：
(一)工资支付凭证或记录(职工工资发放花名册)、缴纳各项社会保险费的记录;
(二)用人单位向劳动者发放的“工作证”、“服务证”等能够证明身份的证件;
(三)劳动者填写的用人单位招工招聘“登记表”、“报名表”等招用记录;
(四)考勤记录;
(五)其他劳动者的证言等。
其中，(一)、(三)、(四)项的有关凭证由用人单位负举证责任。
【延伸内容】
劳动纠纷应该怎样处理
1、协商解决。劳动争议发生后，当事人就争议事项进行商量，使双方消除矛盾，找出解决争议的方法。当然，协商解决并不是解决劳动争议的必经程序，只是国家对当事人自行解决劳动争议这种方式予以认可。不愿协商或者协商不成的，当事人可以并有权申请调解或仲裁。
2、企业调解。劳动争议发生后，当事人可以向本单位委员会申请调解，企业调解达成协议的，制作调解书，双方当事人应自觉履行（此协议不具有法律约束力）；如果从当事人申请之日起三十日内未达成协议，则视为调解不成。当事人可以在规定的期限60至90天内，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。另外，当事人不愿调解或调解达成协议后反悔的，也可直接向仲裁委员会申请仲裁。
3、劳动争议一般由所在行政区域内的劳动争议仲裁委员会受理，当发生争议的单位与职工不在同一劳动争议仲裁委员会管辖地区时，由职工当事人工资关系所在地的劳动争议仲裁委员会处理。如果当事人任何一方对裁决不服，则应在收到裁决书15日内向当地人民法院起诉，期满不起诉的，裁决书即发生法律效力，当事人对发生法律效力的调解书和裁决书应当依照规定的期限履行。
4、法院判决。当事人任何不服裁向人民法院起诉的，法院将按照的有关程序进行。首先对双方当事人进行民事调解，如果双方当事人就劳动争议达成协议，法院将制定民事调解书，调解书一经送达当事人立即生效，与判决书具有同等法律效力。如果调解不成，法院应当在规定的时间内作出书面判决。原被告任何一方对判决不服的，可在法定期限（自收到判决书起15日）内向上级人民法院提起上诉。
相关法律规定《关于确立劳动关系有关事项的通知》第二条
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