自由软件的著作权人在放弃了修改权、保护作品完整权以及复制权后，如何进行知识产权的保护?

根据《通用公共许可证》的相关条款，自由软件的著作权人拥有以下权利：

(一)发表权。即软件的所有人有权根据自己的意愿决定是否以自由软件的形式发表(包括发表的形式、时间等);如果软件的使用者将自由软件进行了修改和完善，则必须要以自由软件的方式发表，公开源代码，遵守《通用公共许可证》的相关规定。值得注意的是，所有权人决定将自己设定的程序以自由软件的形式发表的意思表示必须是明示的。

(二)署名权。与其他著作权一样，自由软件的著作权人享有署名权。《通用公共许可证》规定：“如果由于其他某个人修改了软件并继续加以传播，我们需要它的接受者明白：他们所得到的并不是原来的自由软件。由其他人引入的任何问题，不应损害原作者的声誉”。因此，修改者不仅有署名的权利还有署名的义务。修改者在发布经过修改的自由软件时有义务署名，若不署名，涉嫌损害原始权利人的名誉。

(三)修改权和保护作品完整权。自由软件的著作权人明示赋予他人修改软件的权利，将程序的源代码公开，允许他人根据自己的需要修改和完善软件，在一定程度上放弃了保护作品的完整权。如果修改者愿意将程序的一部分结合到其他自由程序中，且它们的发布条件不同，那么修改者可以告知作者，要求准予使用。但是，修改者不应该损害原始权利者的权利，需要注明相关的修改信息。

(四)经济权利。对于自由软件的经济权利，理查德?斯托曼的自由软件基金会的宗旨就是强调共享，任何用户都可以通过免费途径得到、运行它，并且可以随意的拷贝和扩散。因此，自由软件就意味着放弃了复制权，著作权人不能因为他人的复制行为收取费用。但是，根据《通用公共许可证》，著作权人可以通过以下方式收取费用：