各国家商标主管机关的职能主要是：

(1)受理国际局转来的领土延伸的申请。凡申请领土延伸至马德里某成员国的，按照有关规定，其申请一律由国际局转到该国商标主管机关，并由该主管机关受理。例如，德国某公司申请一商标领土延伸至我国，国际局将该申请转到我国商标主管机关商标局，收到申请后，商标局开始受理。

(2)向国际局转送国际注册申请。原属国的商标所有人申请其商标领土延伸至马德里协定有关成员国的，必须通过原属国商标主管机关，向国际局提交申请。在这里面，商标主管机关起到了转送商标领土延伸申请的作用。

(3)商标国际注册代理人

商标申请人在申请商标国际注册时，可以直接到原属国主管机关办理，也可以委托代理人代理。一般来讲，如果申请人自己有能力办理申请的，都愿意直接到国家主管机关提交申请;如果申请人无能力办理的，则可以委托代理人代理。代理人在马德里商标国际注册体系中是指受商标国际注册申请人委托，代理国际注册有关事宜的机构，代理人往往以律师事务所、专利律师事务所或法律事务所的形式出现。

代理人是民间机构，其代理职能主要是：

A、受申请人委托，代理申请人商标国际注册申请及其他有关事宜。代理人受委托代理商标国际注册申请人最基本的一个条件是，只有当申请人委托代理人代理商标国际注册申请时，代理人才能代理;若申请没有委托代理，则代理人无权强行代理。

B、受国外申请人委托，代理其商标国际注册以及其他有关事宜的法律申诉。商标国际注册申请指定《马德里协定》某些有关国家保护的，各有关国家按其国内法受理申请。

若申请被驳回，其申请人可以委托各有关国家的代理人代理其申请的法律申诉。

凡是受委托代理商标国际注册及其他有关事宜，代理人都要收取代理费。代理费用的多少视同国家的代理人、代理事项不同、事项代理的时间长短而有所不同。