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行政诉讼是指公民、法人或者其他组织认为自己权益受到某一行政行为的损害，而提起的关于该行政行为是否合法的诉讼。我国商标案件的行政诉讼是依据《中华人民共和国行政诉讼法》(以下简称行政诉讼法)而进行的。
(1)商标行政诉讼案件的管辖。行政诉讼法第十七条规定：“行政案件由最初作出具体行政行为的行政机关所在地人民法院管辖。经复议的案件，复议机关改变原具体行政行为的，也可以由复议机关所在地人民法院管辖。”这一规定表明，一般情况下行政案件是由被告所在地的人民法院管辖。同时，行政诉讼法第二十五条规定，两个以上行政机关作出同一具体行政行为的，共同用出具体行政行为的行政机关是共同被告。对此，行政诉讼法第二十条规定：“两个以上人民法院都有管辖权的案件，原告可以选择其中一个人民法院提起诉讼的，由最先收到起诉的人民法院管辖。”
(2)商标行政诉讼案件的范围。根据行政诉讼法第十一条第八项规定，公民、法人或其他组织“认为行政机关侵犯其人身权、财产权的”可以提起行政诉讼。当事人对所有涉及到财产权的处罚不服，都可以提起诉讼。就商标行政诉讼案件讲，根据商标法及其细则规定，当事人对工商行政管理机关对下列7项行为处罚不服的，可以提起行政诉讼。
A、使用商标的商标商品粗制造，以次充好，欺骗消费者的;
B、国家规定必须使用注册商标的商品，没有使用注册商标在市场上销售的;
C、未注册商标冒充注册商标使用的;
D、使用的商标属于商标法第8条规定，不得作为商标使用的文字、图形的;
E、侵权注册商标专用权，工商行政管理机关责令停止侵权行为、罚款;
F、对有毒、有害并且没有使用价值的商品予以销毁的;
G、封存或者收缴商标标识的。
(3)商标行政诉讼中的被告。在行政诉讼中，被告是指经原告认为侵犯其合法权益，并由人民法院通知应诉行的行政机关。商标行政诉讼中的被告，是对商标违法行为给予行政处罚的工商行政管理局。被告地位的确定是因人民法院通知应诉，而不同源于原告提起诉讼。只有经人民法院通知应诉，被告才享有诉讼中的权利和承担诉讼中的义务。商标行政诉讼中的被告的范围是特定的，仅限于工商行政管理机关。
(4)商标法实施细则规定了复议前置，即当事人对行政处罚不服，必须先经过复议。经复议的案件，复议机关决定维持原具体行政行为时，作出原具体行政行为的行政机关是被告。上级工商行政管理机关在复议后，如果维持了原处罚决定，那么对当事人的权利义务发生拘束力的是原处罚决定，根据法律规定，作出原处罚决定的工商行政管理机关是被告;如果改变原处罚决定，地当事人的权利义务发生拘束力的是复议决定，这时，作出复议的上级工商行政管理机关应是被告。两个以上行政机关用出同一具体行政行为时，共同作出具体行政行为的行政机关是共同被告。在一般情况下，具体行政行为是由单个行政机关作出的，但并不排除两个以上行政机关共同作出的可能性。由行政机关委托组织所作出的具体行政行为，委托行政机关是被告。工商所是县级工商行政管理机关的派出机构，根据商标法规定，工商所不应该以自己名义对商标违法案件进行处理，但它可对商案件进行调查，执行县级工商行政管理机关的处理决定，被处罚人不服提起行政诉讼的，派出工商所的县级工商行政管理机关为被告。
(5)商标评审案件不属行政诉讼案件范围。确定商标权的案件当事人不得提起行政诉讼，但可以向商标评审委员会申请复审。根据商标法规定，是否授予商标专用权以及是否撤销一个注册商标专用权是行政职责范围内的事，属于行政处理范畴。例如，当事人以驳回商标注册申请不服的，可以申请复审，由商标评审委员会做出终局决定。对已注册商标有争议的，也由商标评审委员会作出终局裁定，所谓终局决定可裁定，就是当事人不能再到人民法院起诉，人民法院也不能对之裁定或判决，至于民事赔偿部分，工商行政管理机关实质上从事的是调解工作，当事人不服，可以向人民法院提起民事诉讼，由法院对于赔偿额和付款方式进行判决。
(6)商标行政诉讼案件适用法律一定要准确，定性为商标侵权的案件，应当以商标法及其实施细则为依据予以处理。不要适用其他行政法规、地方性法规处理
(7)防止超越权利处理商标案件。商标违法案件经常同其他违法案件联系在一起，案件中当事人违反了商标法规，同时也违反了其他工商管理法规或者的案件中当事人，在违反商标法规的同时又违反了其他非法工商管理法规。防止超职权处理案件，主要注意两个方面：一是不处理法规明确规定由其他机关处理的案件;二是不适用应由其他机关适用的法规。
(8)关于商标侵权的赔偿案件。当事人对工商局责令赔偿经济损失不服，不应作为行政诉讼。查处商标侵权案件中的责令赔偿，具有明显的民事性质，赔与不赔，赔多赔少，都是侵权人之间的问题，工商行政管理机关是处于一种中间人的位置。要告诉当事人，工商行政管理机关对赔偿问题只作调处，如不服调处，可以向人民法院提起民事诉讼。
(9)在查处商标侵权案件中，对侵权性质的认定工作，一般是由承办案件的工商局进行，认定不了的，可逐级请上一级工商局认定。但有的假冒商标，从商标标识上无法区分真假。有时质量问题可用为间接证据，引导我们注意可能存在假冒商标问题。一般来说，如果没有证据证明某个商品是假冒的，就不能认为它是假冒商标。在认定性质时，除了从注册人那里获取直接证据外，有时若查到了假冒商品行为人，也可以直接认定。
