在实践中，当事人因专利实施许可合同发生纠纷时，许多人以双方所签订的专利实施许可合同没有向国务院专利行政部门备案作为抗辩理由而主张其无效，专利机关和司法机关在处理时也有作无效认定的，但是，笔者认为这样处理是不正确的。根据我国现行法律的规定，专利实施许可合同未经备案的，不影响其效力。

主张专利实施许可合同因没有向国务院专利行政部门备案而无效的依据是《中华人民共和国合同法》(以下简称《合同法》)第44条的规定和《中华人民共和国专利法实施细则》(以下简称《实施细则》)第15条第2款的规定。这两个条款的内容分别为：“依法成立的合同，自成立时生效。法律、行政法规规定应当办理批准、登记等手续生效的，依照其规定”;“专利权人与他人订立的专利实施许可合同，应当自合同生效之日起3个月内向国务院专利行政部门备案”。

在主张专利实施许可合同未经备案无效的人看来，专利实施许可合同是应当经过国务院专利行政部门批准后才生效的合同。其实这是一种误解，他们是把这一引导性规定当作了一种影响合同效力的强制性规定了。

实际上，国内的民事主体之间签订专利实施许可合同的行为完全是一种民事法律行为，只要不违反我国现行的法律和行政法规的强制性规定，不涉及国家安全和社会公共利益就是有效。且从我国《合同法》第324条、第342条、第344条、第346条的规定看，向行政主管机关备案也不是专利实施许可合同的生效要件。而《专利法》第12条规定：任何单位或者个人实施他人专利的，应当与专利权人订立书面实施许可合同，向专利权人支付专利使用费。被许可人无权允许合同规定以外的任何单位或者个人实施该专利。据此，《专利法》也只是要求专利实施许可合同必须以书面形式订立，而没有要求办理备案。

如果我们仔细分析《实施细则》第15条第2款的规定也可以看出该备案行为不影响专利实施许可合同的效力。让我们再来看看该款的规定吧：“专利权人与他人订立的专利实施许可合同，应当自合同生效之日起3个月内向国务院专利行政部门备案”。请注意，该规定要求的专利实施许可合同订立后向国务院专利行政部门备案的时间是自“合同生效”之日起3个月内。也就说，根据该条规定，当事人在向国务院专利行政部门备案之前，双方所签订的专利实施许可合同如果没有其他无效情形，就已经生效了。且，该条并没有规定不备案时产生怎样的法律后果。那么，在法律和行政法规没有明确规定不办理备案合同就无效的情况下，一个已经生效的合同是没有理由被认定为无效的。