在商标权转让合同中，纠纷主要表现为

(1)没有按照合同约定的要求向受让人交付有关该注册商标的证件资料;

(2)所转让的商标权，由于超过有效期限未申请续展，被国家商标局依法注销等各种原因而归于无效;

(3)违反商标法的规定，对其在同一种或者类似商品上注册的相同或近似的商标没有一并转让;

(4)转让人在转让该注册商标之前已与第三人订有商标使用许可合同的，未经被许可人同意，!将该注册商标擅自转让;

(5)未按照商标法的规定向国家商标局办理商标注册转让手续。

商标方面的纠纷发生之后，那么双方当事人首先是可以通过协商的方式来解决的，但是协商没有办法处理，或者是双方当事人的矛盾点比较大，没有办法达成一致意见的，此时是可以通过诉讼的方式来处理。但是是需要提交相关的证据材料，只有这样才能够支持原告诉讼主张。

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