目前，商业秘密法律保护体系是在反不正当竞争法、刑法及其他相关法律中规定对商业秘密的保护，其保护分散，不够全面系统。我国应尽快出台统一的《商业秘密保护法》，以适应伴随国际经济关系日益紧密，商业秘密保护所面临的新形势。根据Trips协定的要求和现实需要，在商业秘密法法典化过程中，以下几个问题应引起重视：

1、商业秘密作为一种特殊的知识产权，其是否存在的判断标准很难确定，立法中应对其作出明确的规定，以保证司法的统一性和权威性。除了根据Trips协定第三十九条第二款的内容，规定商业秘密的保护范围和构成条件外，特别要划清企业内部职工所掌握的知识、经验与商业秘密的界限，使之更加具体，易操作。同时需要区分商业秘密与其他概念，并明确商业秘密与专有技术、技术秘密等相关概念之间的关系。

2、应明确规定侵犯商业秘密的例外情形。商业秘密产生和表现形式多样，侵犯商业秘密的形式也纷繁复杂。为了便于对协定规定的“违反诚实商业行为”的方式有更准确的界定，除了直接规定商业秘密侵权行为外，还可以借鉴我国《专利法》的规定，对商业秘密的除外情形也做出规定。例如，Trips协定第三十九条第三款规定了两种例外情形，一种是为保护公众所必需的例外，另一种是采取措施以保护该数据不被用在不正当的商业使用中的例外。同时应合理规定劳动合同中的竞业禁止的限制范围和期限。这样做的目的是为了力求做到“在保护商业秘密时，应在保护权利人利益与他人正当利用的权利之间找到一个平衡点。”

3、根据Trips协定，商业秘密保护的义务人包括所有未经授权的掌握秘密的自然人和法人，而协定第三十九条第三款规定的作为批准销售使用新型化学个体制造的药品或农业化学物质产品的政府及政府机构应作为一类特殊的义务主体。因此立法的规定不应只限于现行立法中经营者，应扩展到以下三类人群：一是企业的技术人员、职员、工人;二是因进行行政管理而知悉商业秘密的公务员;三是电视台、电台、报纸、杂志、网站等新闻媒体等。

4、对善意第三人的责任应有所规定。善意第三人在接到权利人的通知前，处于绝对善意状态，无需承担任何责任。问题主要在于：一是在善意第三人接到通知之后，是否应禁止其继续使用该商业秘密。二是如果应禁止其继续作用，那么是否允许第三人在特定情形下享有抗辩权。关于这一点，我们可参照美国1995年《反不正当竞争法重述》中的做法。该法原则上禁止第三人接到权利人通知后继续使用其善意取得商业秘密，但同时又规定了若干免责事由，以保护交易安全。该法认为：如果善意第三人在接到侵权通知前，已经善意地支付了商业秘密的对价，或对商业秘密进行了重要的设备投资或研究开发，或依赖该信息实质性改变了自身状态，那么对以后的使用或披露追究责任，可以认为是不适当的。对这类案件，可以进一步妥善平衡各种利益，例如对原告进行有限救济，同时亦不禁止被告以后使用。